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Fechas:
Del 5 al 30 de julio.

Los directores del curso:

-Luis Vazquez, catedrático de la Facultad de Informática de la UCM.

-Federico Morán Abad, catedrático de la Facultad de Químicas de la UCM. (Programa BIPEDD)

-Alfonso Valencia Herrera, Profesor de Investigación, director del programa de Biología Estructural y Biocomputación del CNIO.

Coordinador:
-Andrés Cañada Pallarés, Instituto Nacional de Bioinformática.

Curso:
Se celebra dentro de la Escuela Complutense de Verano, inscrito en la Escuela de Informática y Nuevas Tecnologías,que tiene lugar durante el mes de Julio, con capacidad para 20 alumnos.

En este curso se pretende formar a los alumnos en el manejo de técnicas y metodologías que son de gran utilidad para trabajar en el área de la Bioinformática. El curso es teórico y práctico y, por tanto, no sólo se pretende que los alumnos adquieran conocimientos generales en este tema, sino que alcancen un nivel de formación básico que les permita utilizar los programas y herramientas disponibles con soltura.

El curso está abierto a doctores, licenciados o estudiantes de cualquier carrera de Ciencias o Ingeniería. Sin embargo es recomendable que los alumnos tengan:
- Conocimientos elementales de biología molecular.
- Conocimientos básicos de manejo de computadores.
- Conocimientos de inglés.
Las ediciones anteriores, también celebradas en el contexto de la Escuela Complutense de Verano, tuvieron una excelente acogida y fueron evaluadas positivamente por los alumnos, tanto en la encuesta que realiza la Fundación, como en la que realizan los directores del curso. La valoración general obtenida por el curso en las pasadas ediciones ha variado entre 6.8 y 8. Los contenidos de los cursos anteriores, las listas de profesores y alumnos que participaron y
los resultados detallados de las encuestas realizadas a los alumnos, son accesibles aquí:

Los Objetivos del curso son:

-Adquirir conocimientos elementales del sistema operativo Linux, de programación en Perl y de diseño e implementación de bases de datos relacionales. Linux, como otros sistemas operativos emparentados con Unix, es la
plataforma preferida para el desarrollo y el uso de aplicaciones bioinformáticas, Perl es un lenguaje de programación frecuentemente usado para el desarrollo de pequeñas aplicaciones bioinformáticas y las bases de datos relacionales son sistemas estándar de almacenamiento, análisis y consulta de datos.
- Familiarizarse con los tipos de datos que son objeto de análisis en la Bioinformática, y con las bases de datos en que dichos datos están almacenados y cómo se accede a ellas a través de la Internet.
- Conocer los tipos de herramientas y las estrategias generales de investigación usadas más frecuentemente en Bioinformática. Este objetivo es muy amplio y abarca técnicas y métodos enfocados a analizar y comparar secuencias de ácidos nucleicos, analizar y anotar genomas, predecir y comparar la estructura y la función de proteínas, diseñar fármacos optimizados para su interacción con centros activos de enzimas o receptores o con ácidos nucleicos, etc.

Los temas principales que se tratan en este curso son

• Introducción a la Bioinformática.

• Nociones sobre el uso de computadores con sistema operativo tipo Linux.

• Programación básica con Perl.

• Nociones sobre bases de datos relacionales y servicios Web.

• Bases de Datos en Bioinformática.

• Herramientas y conceptos de análisis de secuencias de acidos nucléicos.

• Herramientas y conceptos de análisis de secuencias de aminoácidos.

• Predicción de estructura secundaria y terciaria de proteínas.

• Filogenia.

• Arrays de DNA y análisis de datos.

• Proteómica y Bioinformática.

• Análisis de resultados de secuenciación de nueva generación.
Los alumnos de este curso son evaluados por la calificación que reciban en trabajos individuales y/o de grupo, y mediante el seguimiento de su participación en las clases.

Los trabajos consistirán en la redacción de memorias sobre ejercicios prácticos propuestos en clase y/o de comentarios críticos sobre publicaciones científicas relacionadas con el temario.

Actividades Prácticas:
El número de horas de clase dedicadas a temas que previsiblemente incluirán actividades prácticas con ordenador es de unas 75. Estas clases aparecen con fondo gris en el cronograma que se presenta más abajo. Las prácticas estarán organizadas por el mismo profesor que imparte la clase, que será también el que decida la duración de las mismas. No obstante, la recomendación general será dividir el tiempo de clase en dos mitades, una para teoría y otra para práctica.
Si se cumple esta recomendación, el tiempo previsto de prácticas es de alrededor de 37 horas.
Está previsto organizar al menos dos sesiones dedicadas en su totalidad a la realización de prácticas. En la primera, las prácticas estarán centradas en “análisis de secuencias”; en la segunda, el tema será “predicción de estructura de proteínas”. Las prácticas servirán para integrar y reforzar los temas tratados a lo largo de las jornadas anteriores, y tendrán una parte guiada y otra libre.
Por último, se ofrecerá a los alumnos la posibilidad de realizar prácticas adicionales, libres o apoyadas por un monitor, en horas extra, dependiendo de la disponibilidad del aula.

Horario:
De 9:00 a 14:00 todos los días lectivos

Lugar de celebración (clases teóricas y prácticas):
Facultad de Informática de la UCM.
Av. Complutense s/n- Ciudad Universitaria.
Laboratorio nº4 de Informática 2ª Planta


Duración:
100 horas.


Cierre del período de matrícula:
11 de junio 2010

Otros Datos
Nº de créditos de libre configuración: 8 (sólo alumnos UCM).
Lugar de celebración: Universidad Complutense de Madrid.
Precio de la matrícula: 900 Euros
Ayudas: Las de caracter general

English version:

Dates:
5th-30th of july

Directors:
-Luis Vazquez, catedrático de la Facultad de Informática de la UCM.
-Federico Morán Abad, catedrático de la Facultad de Químicas de la UCM. (Programa BIPEDD)
-Alfonso Valencia Herrera, Profesor de Investigación, director del programa de Biología Estructural y Biocomputación del CNIO.

Coordinator:
-Andrés Cañada Pallarés, Instituto Nacional de Bioinformática.

Course:
Is held within Complutense Summer School, enrolled in the School of Computer and Information Technologies, which takes place during the month of July, with capacity for 20 students.

This course aims to train students in managing techniques and methodologies that are useful for working in the area of Bioinformatics. The course is theoretical and practical and, therefore, not only want students to acquire general knowledge on this subject, but a level of basic training to enable them to use the programs and tools available freely.

The course is open to doctors, graduated or students of any Biological field or Engineering Sciences. However, it is recommended that students have:

- Basic Knowledge of molecular biology.
- Basic knowledge of computer management.
- Knowledge of English.

Earlier editions also held in the context of Complutense Summer School, had an excellent reception and were evaluated positively by students, both in the survey by the Foundation, and in conducting the course directors. The overall assessment obtained by the course in past editions has varied between 6.8 and 8. The contents of previous courses, lists of teachers and students who participated and detailed results of the surveys to students, are available here:

Objectives of the course are:

-Acquire a basic knowledge of Linux operating system, Perl programming and design and implementation of relational databases. Linux and other Unix-related operating systems, is the preferred platform for the development and use of bioinformatics applications, Perl is a programming language frequently used for small applications development and bioinformatics relational databases are standard storage systems, data analysis and consultation.

-Familiar with the types of data are analyzed in bioinformatics, and databases where the data are stored and how they are accessed through the Internet.

- Know the types of tools and general research strategies used most frequently in Bioinformatics. This objective is very broad and covers techniques and methods aimed at analyzing and comparing nucleic acid sequences, analyze and annotate genomes, predict and compare the structure and function of proteins, drug design optimized for interaction with active sites of enzymes or receptors or nucleic acid, etc.

The main topics covered in this course are:

• Introduction to Bioinformatics.

• Notions on the use of computers with Linux operating system type.

• Basic programming with Perl.

• Notions of relational databases and Web services.

• Bioinformatics Databases.

• Tools and concepts for analysis of nucleic acid sequences.

• Tools and concepts for analysis of protein sequences.

• Prediction of secondary and tertiary structure of proteins.

• Phylogeny.

• DNA arrays and data analysis.

• Proteomics and Bioinformatics.

Students in this course are assessed by the rating received by individual and / or group works, and by following their participation in class.

The work will include preparing reports on proposed practical exercises in class and / or critical comments about scientific publications related to the agenda.

Activities:
The number of class hours devoted to topics that likely will include hands-on activities with computer is about 75. These classes appear with a gray background in the schedule presented below. The practices will be organized by the same teacher who teaches the class, which will also decide the duration of them. However, the general recommendation is to divide class time into two halves, one for theory and one for practice.

If this recommendation is met, the expected time of practice is around 37 hours.
Are planned at least two sessions devoted entirely to the experiments. In the first, practice will focus on “sequence analysis”, in the second, the theme will be “protein structure prediction.” The practices will serve to integrate and reinforce the topics covered during the previous days, and have a tour and a free hand.
Finally, we offer students the possibility of additional practice, free or supported by a monitor, in overtime, depending on the availability of the classroom.

Hours:
From 9:00 to 14:00 every school day

Venue (theory and practice):
Faculty of Informatics of the.
S/n- Complutense Ciudad Universitaria Av.
Laboratory Computing No 4 2nd Floor

Duration:
100 hours.

Deadline for registration:
June 11, 2010

Other Details
Number of free choice credits: 8 (UCM students only).
Venue: Universidad Complutense de Madrid.
Tuition: 900 Euros
Helps: The general character